Glossaire du microbiome intestinal canin : Termes clés expliqués aux propriétaires de chiens

Résumé

Ce glossaire sur le microbiome intestinal canin définit plus de 35 termes scientifiques clés en langage clair pour les propriétaires de chiens, les professionnels vétérinaires et toute personne naviguant dans le domaine en plein essor de la santé intestinale canine. Des concepts fondamentaux tels que le microbiome et l’eubiose aux organismes, mécanismes et méthodes de diagnostic spécifiques, chaque entrée comprend une définition claire, sa signification biologique pour les chiens et, le cas échéant, des liens vers des articles approfondis de Bonza. Que vous ayez rencontré ces termes dans un article de recherche, sur l’étiquette d’un complément alimentaire ou lors d’une conversation avec votre vétérinaire, ce guide de référence fournit le contexte scientifique nécessaire pour prendre en toute confiance des décisions éclairées sur la santé intestinale de votre chien. Ce glossaire est régulièrement mis à jour en fonction de l’évolution de la science.

Introduction

La science de la santé intestinale canine s’est considérablement accélérée au cours de la dernière décennie. Ce qui était autrefois une niche de la recherche vétérinaire est aujourd’hui l’un des domaines les plus actifs de la nutrition animale, avec des études établissant un lien entre le microbiome intestinal et l’immunité, le comportement, la santé des articulations, l’état de la peau, la longévité et bien d’autres choses encore.

Pour les propriétaires de chiens, c’est vraiment passionnant. Mais elle a également introduit un vocabulaire qui peut sembler impénétrable : dysbiose, AGCS, jonctions serrées, séquençage 16S, Akkermansia. Ces termes apparaissent de plus en plus souvent dans les revues vétérinaires, dans le marketing des compléments alimentaires et dans les applications d’analyse de la santé intestinale, souvent sans explication adéquate.

Ce glossaire a pour but de changer cela. Chaque entrée est rédigée de manière à être suffisamment précise pour un clinicien et suffisamment claire pour un propriétaire de chien curieux. Chaque définition explique non seulement la signification d’un terme, mais aussi son importance pour la santé de votre chien.

Principaux enseignements

Le microbiome intestinal est un écosystème dynamique composé de billions de micro-organismes qui influencent presque tous les systèmes de l’organisme de votre chien.
L’eubiose (un microbiome équilibré) et la dysbiose (un microbiome déséquilibré) sont les deux pôles qui déterminent les résultats en matière de santé intestinale.
Les acides gras à chaîne courte (AGCC), produits par la fermentation microbienne des fibres alimentaires, comptent parmi les molécules les plus importantes pour la santé canine.
Les prébiotiques, probiotiques, postbiotiques et synbiotiques agissent chacun par le biais de mécanismes distincts et remplissent des rôles fonctionnels différents.
La diversité microbienne, mesurée par la diversité alpha et bêta, est l’un des indicateurs les plus fiables de l’état de santé de l’intestin.
Le cadre des axes intestin-organe démontre que le microbiome communique avec le cerveau, les articulations, la peau, le système immunitaire, le cœur, le foie, etc.

Dans ce guide :

Termes relatifs au microbiome intestinal canin : A-F
Termes relatifs au microbiome intestinal canin : G-M
Termes relatifs au microbiome intestinal canin : N-S
Termes relatifs au microbiome intestinal canin : T-Z
Questions fréquemment posées
Conclusion

Termes relatifs au microbiome intestinal canin : A-F

Akkermansia muciniphila

Bactérie gram-négative qui colonise la couche de mucus tapissant la paroi intestinale. Akkermansia muciniphila est considérée comme une espèce clé dans la recherche sur la santé intestinale : elle se nourrit de mucine (le principal composant du mucus intestinal) et, ce faisant, stimule l’hôte à produire davantage de mucus, renforçant ainsi la barrière protectrice de l’intestin. Une plus grande abondance d’Akkermansia est systématiquement associée à une plus faible perméabilité intestinale, à une meilleure santé métabolique et à une réduction de l’inflammation systémique dans les études humaines et canines.¹ L’abondance diminue avec l’âge, l’utilisation d’antibiotiques et les régimes pauvres en fibres. La supplémentation en prébiotiques, en particulier en inuline et en amidon résistant, fait partie des stratégies alimentaires les plus fiables pour soutenir les populations d’Akkermansia. Voir aussi :[Perméabilité intestinale],[Mucine],[Inuline].

Diversité Alpha

Mesure de la diversité microbienne au sein d’un échantillon unique, généralement exprimée par le nombre d’espèces différentes présentes (richesse) et la régularité de leur répartition (régularité). Une diversité alpha élevée est généralement associée à un microbiome intestinal résilient et sain, capable de résister aux perturbations et de s’en remettre. Une faible diversité alpha – moins d’espèces ou un microbiome dominé par un ou deux taxons – est une caractéristique de la dysbiose et a été associée à une sensibilité accrue aux maladies gastro-intestinales, à l’inflammation et au dysfonctionnement immunitaire chez les chiens.² La diversité alpha est évaluée par[séquençage de l’ARNr 16S] ou[métagénomique]. Voir aussi : [Diversité bêta],[Dysbiose].

Archées

Domaine de micro-organismes unicellulaires distincts des bactéries. Dans l’intestin du chien, les archées sont présentes en plus petit nombre que les bactéries mais jouent un rôle fonctionnel dans le métabolisme microbien. Les archées méthanogènes (méthanogènes) sont parmi les mieux caractérisées. Elles consomment l’hydrogène produit par d’autres microbes au cours de la [fermentation colique] et influencent l’efficacité de l’extraction de l’énergie des aliments. Leur rôle dans la santé intestinale des chiens est un domaine de recherche émergent, distinct mais complémentaire du microbiome bactérien. Voir aussi :[Microbiote],[Microbiome intestinal].

Bactériophage

Virus qui infectent les bactéries et s’y répliquent. Les bactériophages (phages) sont parmi les entités les plus nombreuses dans l’intestin et font partie du virome – la composante virale du microbiome intestinal. Ils façonnent la composition de la communauté bactérienne en lysant (détruisant) sélectivement des populations bactériennes spécifiques, créant ainsi une dynamique constante prédateur-proie qui influence la diversité du microbiome. Le virome intestinal canin est mal caractérisé par rapport au microbiome bactérien, mais les recherches émergentes suggèrent que les phages jouent un rôle régulateur important dans la stabilité et la résilience du microbiome. Voir aussi :[Microbiome intestinal],[Microbiote].

Bacteroidetes

L’un des deux groupes taxonomiques dominants du microbiome intestinal canin, avec les[Firmicutes]. Les Bacteroidetes comprennent des genres tels que Bacteroides et Prevotella, principalement impliqués dans la fermentation d’hydrates de carbone complexes et la production de[SCFA], en particulier le propionate et l’acétate. La proportion relative de Bacteroidetes par rapport aux Firmicutes – leratio [Firmicutes:Bacteroidetes] – est l’un des indicateurs de la santé du microbiome les plus couramment cités, bien que son interprétation nécessite une nuance allant au-delà d’une simple lecture haute/basse.

Diversité bêta

Mesure de la diversité microbienne entre les échantillons – généralement entre différents chiens, ou chez le même chien à différents moments ou dans des conditions alimentaires différentes. Une diversité bêta élevée entre deux échantillons indique que leurs microbiomes sont distincts sur le plan de la composition. L’analyse de la diversité bêta est utilisée dans la recherche pour évaluer comment l’alimentation, la maladie, la géographie ou l’âge affectent la composition du microbiome au sein d’une population. Chez un chien, un changement significatif de la diversité bêta au fil du temps peut indiquer un changement cliniquement significatif de l’état de santé de l’intestin. Voir aussi :[Diversité alpha],[Séquençage de l’ARNr 16S].

Bifidobacterium

Un genre de bactéries gram-positives parmi les plus étudiées et les plus importantes sur le plan clinique pour la santé intestinale des chiens. Les espèces de Bifidobacterium sont des anaérobies obligatoires que l’on trouve principalement dans le côlon, où elles fermentent les hydrates de carbone non digestibles (en particulier[Inuline],[FOS] et[Amidon résistant]) pour produire des AGCS, notamment de l’acétate et du lactate. Ils sont fortement associés à l’intégrité de la barrière intestinale, à la modulation immunitaire et à la résistance à la colonisation par des agents pathogènes. L’abondance de Bifidobacterium diminue avec l’âge et à la suite d’un traitement antibiotique, et est soutenue par une supplémentation en prébiotiques. Voir : Les meilleurs prébiotiques pour les chiens, Les meilleurs probiotiques pour les chiens.

Butyrate

Un[acide gras à chaîne courte] produit principalement par les bactéries Firmicutes (y compris[Faecalibacterium prausnitzii] et Roseburia) lors de la fermentation des fibres alimentaires dans le côlon. Le butyrate est la principale source d’énergie des colonocytes (les cellules qui tapissent la paroi du côlon), et une production adéquate de butyrate est essentielle pour maintenir l’intégrité de la muqueuse et prévenir la[perméabilité intestinale]. Au-delà de l’intestin, le butyrate a des effets anti-inflammatoires systémiques : il inhibe la signalisation NF-kB, réduit la production de cytokines pro-inflammatoires et soutient la fonction des cellules T régulatrices. La production de butyrate est étroitement liée à la consommation de fibres fermentescibles, en particulier de racines de chicorée, d’inuline et d’amidon résistant. Voir : Axe intestinal-immunitaire,[AGCS].

Fermentation colique

Processus microbien par lequel les substrats alimentaires non digestibles (principalement les fibres, l’amidon résistant et certaines protéines) sont décomposés par les bactéries du gros intestin (côlon). La fermentation produit des[AGCS], des gaz (hydrogène, méthane, dioxyde de carbone) et une série de métabolites bioactifs, notamment des indoles et des phénols. La nature et l’ampleur de la fermentation dépendent du type et de la quantité de substrats disponibles, de la composition de la communauté microbienne et du temps de transit intestinal. L’optimisation de la fermentation colique par l’apport ciblé de fibres alimentaires est l’une des stratégies les plus probantes pour favoriser la santé intestinale des chiens. Voir : Les meilleurs prébiotiques pour les chiens.

Dysbiose

Déséquilibre dans la composition, la diversité ou la fonction du microbiome intestinal, caractérisé par une réduction des espèces microbiennes bénéfiques, une prolifération de bactéries potentiellement nocives et une diminution de la diversité globale. La dysbiose perturbe la fermentation, altère la production d’acides gras saturés, compromet la barrière intestinale et dérègle la signalisation immunitaire. Chez les chiens, elle a été associée à des maladies gastro-intestinales chroniques, à des affections cutanées allergiques, à des problèmes d’anxiété et de comportement, à des inflammations articulaires et à une mauvaise santé métabolique.³ Les déclencheurs courants sont l’utilisation d’antibiotiques, les changements de régime alimentaire, le stress, les infections et la consommation prolongée d’aliments ultra-transformés. La dysbiose existe sur un spectre allant d’une perturbation légère et transitoire à un effondrement sévère du microbiome. Voir : Dysbiose intestinale chez le chien, [Eubiosis].

Système nerveux entérique (ENS)

Souvent décrit comme le « deuxième cerveau », le système nerveux entérique est un réseau d’environ 500 millions de neurones intégrés dans la paroi du tractus gastro-intestinal. Il fonctionne de manière semi-indépendante du système nerveux central et régule la motilité, les sécrétions et le flux sanguin de l’intestin. L’ENS communique de manière bidirectionnelle avec le cerveau par l’intermédiaire du nerf vague – une voie clé de l‘[axe intestin-cerveau] – et est profondément influencé par le microbiome intestinal. Les métabolites microbiens, notamment les acides gras saturés et les précurseurs de neurotransmetteurs tels que le tryptophane, modulent directement la fonction de l’ENS, établissant un lien entre l’alimentation et les bactéries intestinales, d’une part, et l’humeur, la réponse au stress et le comportement des chiens, d’autre part. Voir : Axe intestin-cerveau.

Eubiosis

L’état d’équilibre microbien caractérisé par une grande diversité, une composition appropriée des espèces et une relation symbiotique fonctionnelle entre le microbiome et l’hôte. Dans l’eubiose, les micro-organismes bénéfiques dominent, la production de SCFA est optimale, la barrière intestinale est intacte et la signalisation immunitaire est correctement calibrée. L’eubiose est l’état cible des interventions sur la santé intestinale et représente l’opposé sain de la[dysbiose]. Elle est maintenue grâce à une quantité suffisante de fibres alimentaires, une exposition minimale aux antibiotiques, une activité physique régulière et un faible niveau de stress chronique. L’eubiose n’est pas une finalité fixe, mais un équilibre dynamique qui nécessite un soutien nutritionnel permanent.

Faecalibacterium prausnitzii

L’une des bactéries les plus abondantes et les plus importantes sur le plan clinique dans l’intestin canin sain. F. prausnitzii est un anaérobe gram-positif obligatoire et un producteur primaire de[butyrate] dans le côlon. Il possède de puissantes propriétés anti-inflammatoires, inhibant la signalisation NF-kB, supprimant les cytokines pro-inflammatoires (y compris l’IL-8 et le TNF-alpha) et soutenant l’activité des cellules T régulatrices.⁴ Une faible abondance est systématiquement associée aux maladies inflammatoires de l’intestin, aux fuites intestinales et à l’inflammation systémique chez les chiens. Elle est très sensible à l’utilisation d’antibiotiques et à une faible teneur en fibres alimentaires. Soutenir F. prausnitzii par une alimentation riche en prébiotiques et en fibres est l’une des stratégies les plus éprouvées pour la santé de l’intestin canin. Voir : Axe intestinal-immunitaire,[Intestin perméable].

Firmicutes

L’un des deux groupes dominants dans l’intestin canin avec les[Bacteroidetes]. Les Firmicutes comprennent un large éventail de bactéries gram-positives, parmi lesquelles les principaux producteurs de butyrate tels que Faecalibacterium prausnitzii, Roseburia et Clostridium clusters IV et XIVa. Bien qu’elle soit souvent présentée de manière négative dans les médias populaires (des taux élevés de Firmicutes sont associés à l’obésité dans certaines études humaines), la relation est plus nuancée chez les chiens : les genres spécifiques au sein de l’embranchement ont beaucoup plus d’importance que la seule lecture au niveau de l’embranchement. Les bactéries Firmicutes contribuent de manière essentielle à la production d’acides gras saturés et à la capacité fermentaire globale.

Rapport Firmicutes:Bacteroidetes (Rapport F:B)

Métrique comparant l’abondance relative des deux phylums bactériens dominants dans l’intestin. Un rapport F:B élevé (plus de Firmicutes que de Bacteroidetes) a été historiquement associé à l’obésité et au dysfonctionnement métabolique dans la recherche humaine. Chez les chiens, la relation est beaucoup moins claire : les microbiomes intestinaux canins sains présentent une grande variation du rapport F:B en fonction des races, des âges et des habitudes alimentaires.⁵ L’interprétation isolée du rapport F:B est considérée comme une simplification excessive ; l’analyse au niveau du genre et de l’espèce fournit une image plus significative de l’état de santé de l’intestin du point de vue clinique. Voir aussi :[Diversité alpha],[Métagénomique].

Fructooligosaccharides (FOS)

Une classe de fibres alimentaires prébiotiques constituées de courtes chaînes de molécules de fructose. Les FOS sont naturellement présents dans la racine de chicorée et le topinambour, qui en sont les principales sources dans l’alimentation canine. Les FOS stimulent sélectivement la croissance des espèces Bifidobacterium et Lactobacillus dans le côlon, augmentent la production d’acides gras saturés (en particulier le butyrate et le propionate) et soutiennent la barrière intestinale. Les FOS sont l’un des prébiotiques les plus étudiés dans le domaine de la nutrition canine. Voir : Les meilleurs prébiotiques pour les chiens,[Inuline].

Termes relatifs au microbiome intestinal canin : G-M

Tissu lymphoïde associé à l’intestin (GALT)

Le plus grand composant du système immunitaire de l’organisme en termes de masse. Le GALT est un réseau de structures lymphoïdes réparties dans tout le tractus gastro-intestinal, comprenant les plaques de Peyer, les ganglions lymphatiques mésentériques et les lymphocytes intra-épithéliaux. Environ 70 % du système immunitaire réside dans ou autour de l’intestin, et le GALT est le principal site où les cellules immunitaires sont éduquées à distinguer les bactéries commensales (microbes bénéfiques) des pathogènes. Le microbiome intestinal joue un rôle essentiel dans le développement et la fonction du GALT. Voir : Axe immunitaire intestinal,[Récepteurs Toll-Like].

Axe intestin-cerveau

Réseau de communication bidirectionnel reliant l’intestin et le système nerveux central, fonctionnant via le nerf vague, le[système nerveux entérique], le système immunitaire et les métabolites microbiens. Chez le chien, le microbiome intestinal influence la fonction cérébrale et le comportement par de multiples voies : production de précurseurs de neurotransmetteurs (en particulier le tryptophane, précurseur de la[sérotonine]), synthèse du GABA, modulation de l’axe de stress HPA et signalisation neuronale directe. La dysbiose a été associée à l’anxiété, à l’hyperréactivité et à des changements cognitifs chez les chiens. Voir : L’axe intestin-cerveau chez le chien.

Microbiome intestinal

Communauté collective de micro-organismes – bactéries, archées, champignons, virus et protozoaires – résidant dans le tractus gastro-intestinal, ainsi que leur matériel génétique et leurs produits métaboliques. Le microbiome intestinal canin contient environ 10¹³ micro-organismes représentant des centaines d’espèces, le gros intestin hébergeant la plus grande densité microbienne. Le microbiome remplit des fonctions essentielles, notamment la digestion des fibres alimentaires, la production de vitamines B et K, l’éducation du système immunitaire et la protection contre la colonisation par des agents pathogènes. Le microbiome de chaque chien est unique, façonné par la génétique, l’alimentation, l’exposition microbienne en bas âge, l’environnement et les antécédents médicamenteux. Voir : Le microbiome intestinal du chien : La clé vitale de la santé du chien.

Axes intestin-organe

Cadre décrivant les canaux de communication bidirectionnels entre le microbiome intestinal et d’autres systèmes organiques du corps. La recherche a identifié au moins huit axes intestin-organe cliniquement pertinents chez le chien : les axes intestin-cerveau, intestin-immunité, intestin-peau, intestin-articulation, intestin-métabolisme, intestin-cœur, intestin-foie et intestin-longévité. Chaque axe fonctionne grâce à des mécanismes distincts mais qui se chevauchent, notamment la signalisation des AGCS, la modulation immunitaire, la production de métabolites microbiens et les voies neurales. Le cadre des axes intestin-organe sous-tend la philosophie « One Gut. Whole Dog » de Bonza et reflète le consensus scientifique selon lequel le microbiome est un régulateur central de la santé de l’ensemble du corps. Voir : Axes intestin-organe chez le chien – Impacts significatifs sur la santé.

Séquençage de l’ARNr 16S

Il s’agit de la méthode la plus utilisée pour caractériser la composition bactérienne du microbiome intestinal. Le séquençage de l’ARNr 16S cible le gène de l’ARN ribosomal 16S, une région présente dans toutes les bactéries qui contient à la fois des séquences conservées (permettant une amplification universelle) et des régions variables (permettant une identification au niveau de l’espèce). En séquençant ce gène à partir d’un échantillon fécal, les chercheurs peuvent identifier les taxons bactériens présents et leur abondance relative. Les kits commerciaux d’analyse du microbiome canin utilisent le séquençage 16S. Bien que puissant, il fournit des données relatives plutôt qu’absolues sur l’abondance et ne capture pas les champignons, les virus ou les archées. Voir : Test du microbiome intestinal du chien,[Métagénomique].

Inuline

Fibre alimentaire soluble et l’un des prébiotiques les plus étudiés dans l’alimentation canine. L’inuline est un polysaccharide constitué de chaînes de fructose avec une molécule de glucose terminale. On la trouve naturellement dans la racine de chicorée (la source alimentaire la plus riche) et dans certaines autres plantes. L’inuline résiste à la digestion dans l’intestin grêle et parvient intacte dans le côlon, où elle est sélectivement fermentée par Bifidobacterium, Lactobacillus et Faecalibacterium prausnitzii. La fermentation produit des AGCS (en particulier le butyrate et le propionate) et il a été démontré qu’elle augmentait l’abondance d’Akkermansia muciniphila.⁶ L’inuline est incluse dans les préparations alimentaires Bonza en tant que substrat prébiotique primaire. Voir : Les meilleurs prébiotiques pour les chiens,[FOS].

Perméabilité intestinale

Mesure de la facilité avec laquelle les molécules passent à travers la paroi épithéliale de l’intestin dans la circulation sanguine. Dans un intestin sain, la barrière épithéliale agit comme un filtre sélectif, absorbant les nutriments tout en empêchant la translocation des toxines bactériennes, des particules alimentaires non digérées et des agents pathogènes dans la circulation systémique. Cette sélectivité est maintenue par les protéines de la[jonction serrée]. Lorsque les jonctions serrées sont perturbées – par une dysbiose, certains facteurs alimentaires, le stress, les AINS ou des toxines dérivées d’agents pathogènes – la barrière est compromise, ce qui permet aux molécules inflammatoires de pénétrer dans la circulation sanguine et de déclencher une activation immunitaire systémique. Une perméabilité intestinale élevée (communément appelée[Leaky Gut]) a été associée aux allergies, à l’inflammation des articulations et aux maladies chroniques chez les chiens. Voir :[Leaky Gut in Dogs], Axe intestin-peau.

Lactobacillus

Genre important et diversifié de bactéries lactiques gram-positives présentes dans tout le tractus gastro-intestinal canin. Les espèces de Lactobacillus produisent de l’acide lactique et certains acides gras saturés, abaissent le pH luminal pour créer un environnement inhospitalier pour les agents pathogènes et entrent directement en compétition avec les bactéries nocives pour les sites d’adhésion sur l’épithélium intestinal. Ils modulent également les réponses immunitaires par le biais d’interactions avec le tissu lymphoïde associé à l’intestin. Parmi les espèces cliniquement pertinentes chez le chien, on trouve L. acidophilus, L. rhamnosus et L. helveticus – cette dernière (souche HA-122) est incluse dans la formulation Biotics de Bonza pour ses propriétés immuno-modulatrices documentées. Voir : Les meilleurs probiotiques pour les chiens.

Fuite intestinale (hyperperméabilité intestinale)

Terme familier désignant un état de[perméabilité intestinale] élevé dans lequel les jonctions serrées entre les cellules épithéliales intestinales sont perturbées, ce qui permet aux bactéries, aux endotoxines bactériennes (en particulier le lipopolysaccharide, LPS), aux antigènes alimentaires non digérés et à d’autres macromolécules de passer de la lumière de l’intestin à la circulation sanguine. Cela déclenche une activation immunitaire systémique et une inflammation chronique de faible intensité. Chez les chiens, l’intestin perméable a été associé à des sensibilités alimentaires, à la dermatite atopique, à des maladies articulaires, à l’anxiété et à un vieillissement accéléré. Il s’agit à la fois d’une conséquence de la dysbiose et d’un facteur de perturbation du microbiome, créant un cycle inflammatoire qui se renforce de lui-même. Voir :[Jonctions serrées],[Zonuline], Axe intestin-peau, Axe intestin-immunité.

Mannan-Oligosaccharides (MOS)

Classe de prébiotiques dérivés de la paroi cellulaire externe de Saccharomyces cerevisiae (levure). Le MOS agit principalement par exclusion compétitive : les bactéries pathogènes telles que Salmonella et E. coli possèdent des lectines de liaison au mannose qui s’attachent aux résidus de mannose dans l’épithélium de l’intestin dans le cadre du processus de colonisation. Le MOS fournit des sites de liaison concurrents, ce qui fait que les pathogènes adhèrent à la molécule de MOS et sont excrétés au lieu de s’établir dans la paroi intestinale. Le MOS module également la fonction immunitaire par le biais d’interactions avec les[Toll-Like Receptors] et soutient l’intégrité de la barrière intestinale. Il s’agit d’un prébiotique essentiel dans les formulations alimentaires de Bonza. Voir : Les meilleurs prébiotiques pour les chiens.

Métagénomique

Approche de séquençage qui analyse l’ensemble du matériel génétique (ADN) extrait d’un échantillon – tel que les fèces canines – sans culture préalable de micro-organismes. Contrairement au[séquençage de l’ARNr 16S], qui cible un seul gène bactérien, la métagénomique par fusillade séquence tout l’ADN présent dans l’échantillon, fournissant des informations sur les bactéries, les archées, les champignons, les virus et leurs gènes fonctionnels. Cela permet aux chercheurs d’évaluer non seulement les micro-organismes présents, mais aussi les voies métaboliques qu’ils sont capables d’exprimer. La métagénomique est l’étalon-or de la caractérisation du microbiome et c’est la méthodologie utilisée dans le catalogue du microbiome canin Waltham 2026, qui a fait date. Voir : Test du microbiome intestinal du chien,[Projet Waltham Microbiome].

Microbiome

Terme collectif désignant tous les micro-organismes vivant dans un environnement particulier – dans ce contexte, le tractus gastro-intestinal – y compris leur matériel génétique et les relations fonctionnelles entre eux. Le terme est parfois utilisé de manière interchangeable avec « [Microbiote] » (qui se réfère spécifiquement aux organismes eux-mêmes), bien qu’au sens strict, le microbiome englobe à la fois les organismes et leurs gènes collectifs. On estime que le microbiome intestinal canin contient 30 à 50 fois plus de gènes microbiens que le génome du chien lui-même, ce qui en fait un élément fonctionnel essentiel de la physiologie globale. Voir : Le microbiome intestinal du chien : Vital Key to Dog Health (Le microbiome intestinal du chien : la clé de la santé du chien).

Microbiote

Communauté spécifique de micro-organismes vivants (bactéries, archées, champignons, virus, protozoaires) qui habitent un environnement donné tel que l’intestin. Le terme se distingue de « [Microbiome] » dans la mesure où le microbiote se réfère spécifiquement aux organismes eux-mêmes, tandis que le microbiome inclut leur matériel génétique collectif et leurs produits métaboliques. En pratique, les deux termes sont utilisés de manière interchangeable dans la plupart des publications scientifiques et populaires. Le microbiote intestinal canin est dominé par des bactéries appartenant aux phyla Firmicutes et Bacteroidetes, avec des contributions significatives des Proteobacteria, Actinobacteria et Fusobacteria.

La mucine et la couche de mucus

La mucine est le principal composant glycoprotéique de la couche de mucus qui tapisse l’épithélium intestinal. La couche de mucus remplit plusieurs fonctions essentielles : elle sert de barrière physique entre l’épithélium intestinal et le contenu luminal (y compris les bactéries), constitue un habitat pour les bactéries commensales (notamment[Akkermansia muciniphila], qui se nourrit de mucine) et contient des IgA sécrétoires, l’anticorps prédominant dans l’immunité des muqueuses. Une couche de mucus saine est essentielle à l’intégrité de la barrière intestinale : l’amincissement ou la perturbation de la couche de mucus augmente l’exposition de l’épithélium aux bactéries et aux produits bactériens, ce qui accroît le risque de[perméabilité intestinale] et d’activation immunitaire.

Termes relatifs au microbiome intestinal canin : N-S

Postbiotiques

Défini par l’Association scientifique internationale pour les probiotiques et les prébiotiques (ISAPP) comme « une préparation de micro-organismes inanimés et/ou de leurs composants qui confère un avantage pour la santé de l’hôte ». Les postbiotiques comprennent les bactéries tuées par la chaleur, les fragments de parois cellulaires bactériennes, l’ADN bactérien et les métabolites bioactifs tels que les acides gras saturés, les bactériocines et les exopolysaccharides. Contrairement aux[probiotiques] (qui sont des organismes vivants), les postbiotiques sont stables à température ambiante et ne dépendent pas de la survie dans le tractus gastro-intestinal. Ils agissent directement sur les récepteurs immunitaires de l’hôte (y compris les[Toll-Like Receptors]) et peuvent être particulièrement utiles chez les chiens dont la santé intestinale est compromise et la colonisation par les probiotiques altérée. Il s’agit d’un domaine émergent et en pleine expansion de la recherche en nutrition canine.

Prébiotiques

Substrats alimentaires non digestibles qui sont sélectivement utilisés par les micro-organismes bénéfiques de l’intestin, conférant un avantage pour la santé de l’hôte. La définition de l’ISAPP met l’accent sur la sélectivité : il doit être démontré qu’un véritable prébiotique stimule spécifiquement les bactéries bénéfiques plutôt que la communauté microbienne de manière indifférenciée. Les prébiotiques les plus éprouvés dans l’alimentation canine sont l’[inuline], les[FOS], les[MOS] et l‘[amidon résistant]. Les prébiotiques agissent comme un « engrais » pour les bactéries bénéfiques – ils n’introduisent pas de nouveaux organismes (comme le font les probiotiques) mais fournissent le substrat qui permet aux populations bénéfiques existantes de prospérer. Une alimentation riche en fibres fermentescibles diverses est la stratégie prébiotique la plus durable pour les chiens. Voir : Les meilleurs prébiotiques pour les chiens.

Probiotiques

Micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés en quantités adéquates, confèrent un bénéfice pour la santé de l’hôte (définition de l’OMS/FAO). Dans l’alimentation canine, les genres probiotiques les plus étudiés sont Lactobacillus, Bifidobacterium, Enterococcus et Bacillus. L’efficacité est spécifique à la souche : la désignation du genre et de l’espèce (par exemple, Lactobacillus helveticus) identifie l’organisme ; la désignation de la souche (par exemple, HA-122) indique si cette variante spécifique a été étudiée pour un résultat de santé particulier. La triade Biotics de Bonza (prébiotiques, probiotiques, postbiotiques) repose sur ce principe de spécificité des souches : chaque souche de probiotique incluse dans les formulations Bonza est sélectionnée sur la base de données canines publiées. Voir : Les meilleurs probiotiques pour chiens.

Amidon résistant

Forme d’amidon alimentaire qui résiste à la digestion dans l’intestin grêle et atteint le côlon intact, où il sert de substrat prébiotique fermentable. Il en existe cinq types (RS1-RS5), qui se distinguent par leur source structurelle et leurs caractéristiques de transformation. Le RS2 (amidon granulaire natif, provenant de pommes de terre crues ou de maïs à haute teneur en amylose) et le RS3 (amidon rétrogradé, formé pendant la cuisson et le refroidissement des aliments riches en amidon) sont les plus importants dans l’alimentation canine. L’amidon résistant est l’un des stimulants les plus puissants de la production de butyrate dans le côlon et il a été démontré qu’il augmentait l’abondance d’Akkermansia muciniphila et de Bifidobacterium. Il favorise également la sensibilité à l’insuline par le biais de l‘[axe intestinal-métabolique]. Voir : Axe intestinal-métabolique.

Sérotonine

Neurotransmetteur monoaminergique jouant un rôle essentiel dans la régulation de l’humeur, la cognition et la motilité intestinale. Environ 90 à 95 % de la sérotonine de l’organisme est produite dans le tractus gastro-intestinal, principalement par les cellules entérochromaffines de l’épithélium intestinal. Le microbiome intestinal régule la biosynthèse de la sérotonine en influençant la disponibilité du tryptophane (la sérotonine est synthétisée à partir de l’acide aminé essentiel qu’est le tryptophane) et en produisant des métabolites indoliques qui stimulent directement l’activité des cellules entérochromaffines. Chez les chiens, la perturbation du microbiome peut altérer la production de sérotonine, contribuant à l’anxiété, à l’hyperréactivité et à une motilité intestinale anormale. Voir : Axe intestin-cerveau,[Système nerveux entérique].

Acides gras à chaîne courte (AGCC)

Acides organiques produits par la fermentation microbienne des fibres alimentaires et de l’amidon résistant dans le côlon. Les trois principaux acides gras saturés sont le[butyrate], le propionate et l’acétate, chacun ayant des rôles physiologiques distincts. Le butyrate est la principale source d’énergie pour les colonocytes et l’anti-inflammatoire le plus puissant des trois. Le propionate est transporté vers le foie où il participe à la gluconéogenèse et à la régulation du cholestérol (en rapport avec l’axe intestin-métabolisme et l’axe intestin-cœur). L’acétate entre dans la circulation systémique et soutient le métabolisme énergétique dans les tissus périphériques. Une production adéquate de SCFA nécessite à la fois une quantité suffisante et une diversité appropriée de fibres alimentaires fermentescibles. Les AGCS sont sans doute les molécules les plus importantes produites par le microbiome intestinal, dont les effets en aval s’étendent à la fonction immunitaire, à la santé du cerveau, à l’inflammation des articulations, à l’intégrité de la peau et à la longévité. Voir : Axe intestin-immunité, Axe intestin-longévité.

Synbiotiques

Combinaisons de[prébiotiques] et de[probiotiques] formulées pour exercer des effets complémentaires ou synergiques. Un synbiotique peut être conçu de manière à ce que le composant prébiotique soutienne spécifiquement la survie et l’activité de l’organisme probiotique inclus (synbiotique complémentaire), ou de manière à ce que les deux composants stimulent indépendamment différentes populations bactériennes bénéfiques (synbiotique synergique). Le terme a été formalisé par l’ISAPP en 2020. Les formulations synbiotiques sont théoriquement avantageuses car le prébiotique peut améliorer la survie du probiotique dans le tractus gastro-intestinal et favoriser la colonisation du côlon. La formulation Biotics de Bonza fonctionne selon un principe synbiotique, combinant des substrats prébiotiques avec des souches probiotiques cliniquement prouvées. Voir : Les meilleurs probiotiques pour les chiens.

Termes relatifs au microbiome intestinal canin : T-Z

Les jonctions serrées

Complexes protéiques qui scellent les espaces entre les cellules épithéliales intestinales adjacentes, formant une barrière physique sélective entre la lumière de l’intestin et la circulation sanguine. Les principales protéines de la jonction serrée comprennent l’occludine, les protéines de la famille des claudines et les protéines de la zonule d’occlusion (ZO). L’intégrité de la jonction serrée est fondamentale pour la fonction de barrière intestinale : lorsque ces protéines sont perturbées – par la dysbiose, les AINS, le stress ou les toxines dérivées de pathogènes – l’espace paracellulaire s’ouvre, permettant aux endotoxines bactériennes et aux antigènes alimentaires de transiter dans la circulation systémique […]. [Butyrate], produit par fermentation microbienne des fibres alimentaires, est l’un des régulateurs nutritionnels les plus efficaces de l’expression des jonctions serrées. [Zonulinest de plus en plus utilisé comme biomarqueur clinique de la perturbation de la jonction serrée. Voir :[Fuite intestinale],[Perméabilité intestinale].

Récepteurs Toll-Like (TLR)

Il s’agit de récepteurs de reconnaissance de formes exprimés sur les cellules immunitaires et les cellules épithéliales intestinales qui détectent les motifs moléculaires associés aux microbes (MAMP), c’est-à-dire les composants structurels des bactéries, des champignons et des virus tels que le lipopolysaccharide (LPS), la flagelline et l’ADN bactérien. Les TLR constituent une interface essentielle entre le microbiome intestinal et le système immunitaire. Dans un microbiome sain et diversifié, la signalisation des TLR est correctement calibrée – reconnaissant et tolérant les organismes commensaux tout en organisant des réponses aux pathogènes. En cas de[dysbiose], l’activation aberrante des TLR par les endotoxines bactériennes (en particulier les LPS des bactéries gram-négatives) contribue à l’inflammation systémique chronique. Les[MOS] et certaines fractions postbiotiques modulent la signalisation des TLR dans le cadre de leur mécanisme d’immunorégulation. Voir : Axe intestinal-immunitaire.

Projet de microbiome de Waltham et catalogue de microbiome canin

Une initiative de recherche historique du WALTHAM Petcare Science Institute qui a produit la caractérisation la plus complète du microbiome intestinal canin sain à ce jour. Le catalogue 2026 du microbiome canin a utilisé la métagénomique pour analyser les échantillons fécaux d’une large cohorte de chiens en bonne santé, générant un catalogue de référence du microbiome intestinal canin au niveau de l’espèce. Le projet a permis d’identifier des espèces bactériennes non caractérisées spécifiques aux chiens, d’établir des plages de référence pour la diversité microbienne dans des populations saines et de créer un ensemble de données fondamentales pour comparer les signatures du microbiome en fonction de l’âge, de la race, du régime alimentaire et de l’état de santé. Il s’agit de l’ensemble de données de référence actuel pour la recherche sur le microbiome canin. Voir : Test du microbiome intestinal du chien.

Zonulin

Protéine produite par les cellules épithéliales intestinales qui module la perméabilité des[jonctions serrées] dans la paroi intestinale. Lorsqu’elle est libérée en réponse à une dysbiose, à certains produits bactériens ou à des déclencheurs alimentaires, la zonuline déclenche le désassemblage des complexes de jonctions serrées, augmentant temporairement la perméabilité intestinale. Des taux élevés de zonuline dans le sérum ou les fèces sont utilisés cliniquement comme biomarqueur de l’hyperperméabilité intestinale(leaky gut). La zonuline a été caractérisée par le Dr Alessio Fasano et ses collègues et est depuis devenue un élément central de la compréhension du dysfonctionnement de la barrière intestinale en médecine humaine et vétérinaire. Voir :[Intestin perméable],[Jonctions serrées],[Perméabilité intestinale].

Questions fréquemment posées

Quelle est la différence entre le microbiome et le microbiote ?

Le microbiote désigne spécifiquement la communauté de micro-organismes vivants dans l’intestin – les organismes eux-mêmes. Le microbiome est un terme plus large qui englobe à la fois les organismes, leur matériel génétique collectif et leurs produits métaboliques. Dans l’usage courant, les deux termes sont utilisés de manière interchangeable, bien que la distinction soit importante dans les contextes de recherche.

Qu’est-ce que cela signifie si mon chien présente une faible diversité microbienne ?

Une faible diversité alpha signifie qu’il y a moins d’espèces bactériennes différentes dans l’intestin de votre chien ou qu’un petit nombre d’espèces dominent au détriment des autres. Cela réduit la résilience fonctionnelle du microbiome : il a moins de capacité à s’adapter aux perturbations, à produire toute la gamme des acides gras saturés et à résister à la colonisation par des agents pathogènes. Une faible diversité est une caractéristique de la dysbiose et est associée aux maladies gastro-intestinales chroniques, aux allergies et à l’inflammation systémique.

Puis-je améliorer le microbiome intestinal de mon chien par l’alimentation ?

Oui, l’alimentation est le facteur modifiable le plus puissant de la composition du microbiome. L’augmentation de la diversité des fibres alimentaires (en particulier les fibres fermentescibles comme l’inuline, les FOS et l’amidon résistant) augmente systématiquement la diversité microbienne, la production de SCFA et l’abondance des bactéries bénéfiques. La réduction des ingrédients ultra-transformés et le soutien de l’apport en prébiotiques par le biais de sources végétales complètes et d’une supplémentation ciblée sont les stratégies alimentaires les mieux étayées à la disposition des propriétaires de chiens.

Quelle est la différence entre les prébiotiques, les probiotiques, les postbiotiques et les synbiotiques ?

Les prébiotiques sont la nourriture des bactéries bénéfiques (fibres fermentescibles et hydrates de carbone spécifiques). Les probiotiques sont les bactéries bénéfiques elles-mêmes (organismes vivants à des doses adéquates). Les postbiotiques sont les composés actifs pour la santé produits par les bactéries, ou des préparations de micro-organismes inactivés et de leurs composants. Les synbiotiques combinent les prébiotiques et les probiotiques dans une formulation unique conçue pour des effets complémentaires ou synergiques. Chaque catégorie agit par des mécanismes distincts et leur efficacité est maximale lorsqu’ils sont utilisés en combinaison.

Le rapport Firmicutes:Bacteroidetes est-il un indicateur fiable de la santé intestinale chez le chien ?

En soi, non. Alors que le rapport F:B est largement cité dans la recherche sur la santé intestinale humaine, chez les chiens, la relation entre le rapport F:B et les résultats de santé est considérablement plus complexe et variable selon les races, les âges et les modes d’alimentation. L’analyse au niveau du genre et de l’espèce fournit une image beaucoup plus significative sur le plan clinique que les seuls ratios au niveau du phylum. Le rapport F:B doit être interprété comme un point de données au sein d’un profil microbiomique plus large, et non comme une mesure diagnostique autonome.

Qu’est-ce que la dysbiose et comment affecte-t-elle les chiens ?

La dysbiose est un déséquilibre dans la composition du microbiome intestinal, caractérisé par une réduction des bactéries bénéfiques, une prolifération d’espèces potentiellement nocives et une diminution de la diversité. Ses conséquences s’étendent bien au-delà de l’intestin : la dysbiose a été associée à des affections cutanées, à l’anxiété, à l’inflammation des articulations, au dérèglement immunitaire, au dysfonctionnement métabolique et au vieillissement accéléré chez les chiens. Voir : La dysbiose intestinale chez le chien.

Conclusion

Le vocabulaire de la santé intestinale canine s’est rapidement enrichi en même temps que la science, et il existe un risque réel que la terminologie devienne une barrière plutôt qu’un pont entre la recherche et le propriétaire du chien qui prend des décisions quotidiennes en matière d’alimentation. Ce glossaire vise à combler ce fossé.

Comprendre ce que sont les acides gras saturés et pourquoi ils sont importants, pourquoi l’intégrité des jonctions serrées est essentielle à l’inflammation du corps entier, ou ce qui distingue un prébiotique d’un postbiotique – ce ne sont pas des connaissances académiques. C’est la base pour prendre des décisions véritablement informées sur ce que vous devez donner à votre chien, sur les suppléments à privilégier et sur les raisons pour lesquelles une approche de la santé canine centrée sur l’intestin est la position la plus étayée en matière de nutrition vétérinaire moderne.

La science du microbiome intestinal canin progresse rapidement. Le catalogue Waltham 2026 du microbiome canin a déjà élargi nos connaissances sur la composition des espèces chez les chiens en bonne santé ; la métagénomique remplace le séquençage 16S en tant que norme de recherche ; et le cadre des axes intestin-organe constitue désormais l’épine dorsale conceptuelle d’un nombre croissant de recherches cliniques sur les chiens. Ce glossaire sera mis à jour au fur et à mesure de l’évolution de la science.

Références

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Informations éditoriales

Champ d’application	Détail
Publié	mars 2026
Dernière mise à jour	Mars 2026 – Ce glossaire est mis à jour périodiquement en fonction des nouvelles recherches.
Examiné par	Glendon Lloyd, Dip. Canine Nutrition, Dip. Nutrigénomique canine
Prochaine révision	septembre 2026
Auteur	Glendon Lloyd
Clause de non-responsabilité	Cet article est publié à titre d’information uniquement et ne constitue pas un avis vétérinaire. Consultez toujours un vétérinaire qualifié avant de modifier l’alimentation de votre chien ou son régime de compléments alimentaires.

Glendon is the founder of Bonza. He holds Diplomas in Canine Nutrigenomics and Canine Nutrition (both with Distinction) and is committed to advancing evidence-based canine nutrition through continuous study of peer-reviewed research. His expertise spans evidence-based canine nutrition, nutrigenomics, and the connections between diet, the gut microbiome, and long-term health outcomes.
Through the Bonza Health Hub for Dogs, Glendon shares evidence-based articles on preventative canine health, making complex nutritional science accessible to dog owners seeking to make informed decisions about their companions’ wellbeing.

Glendon Lloyd Dip.Canine.Nutrition Dip.Dog.Nutrigenomics